O Departamento de Inspecção realiza as actividades de supervisão e fiscalização, nomeadamente, nas áreas das matérias primas, medicamentos de uso humano, medicamentos de uso veterinário, medicamentos experimentais, medicamentos manipulados, cosméticos e produtos de higiene corporal, dispositivos médicos, inspeccionando as entidades que desenvolvem a sua actividade na âmbito destes produtos, verificando a implementação dos sistemas de boas praticas acordo com as normas nacionais e procedimentos internacionais estabelecidos pela Comissão Europeia nas diferentes áreas de intervenção, pela Agência Europeia do Medicamento - EMA e PIC/S
Sistema de Cooperação Internacional dos Serviços de Inspectorado Farmacêutico.
Estas actividades encontram-se enquadradas no Manual de Qualidade e procedimentos internos estabelecidos, concordantes com o Sistema de Gestão da Qualidade de Inspectorados, certificado de acordo com a norma internacional ISO-9001:2000.
Os actuais padrões de avaliação da qualidade dos medicamentos encontram-se em evolução de acordo com as novas linhas orientadoras da ICH (vide linhas orientadoras "Q8(R2): Pharmaceutical Development" e "Q9: Quality Risk Management" recentemente aprovadas.
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