O Departamento de Inspecção realiza acções de inspecção e supervisão sobre as entidades e respectivos circuitos de comercialização de produtos, nomeadamente medicamentos humanos, medicamentos veterinários e produtos de saúde. As acções de supervisão e vigilância do mercado incidem quer sobre o fabrico e importação quer sobre a respectiva distribuição grossista e dispensa ao público. O Departamento de Inspecção realiza as actividades de certificação de Boas Praticas de Laboratório e inspecção no âmbito do controlo de qualidade de medicamentos bem como inspecciona Boas Praticas Clínicas no âmbito da realização de Ensaios Clínicos. Todas as entidades associadas a estes diferentes aspectos são directamente supervisionadas pelo Infarmed nos termos das competências legais em vigor.
