O preço dos medicamentos manipulados ao público nas farmácias oficinas é efectuado com base no valor dos honorários da preparação, no valor das matérias primas e no valor dos materiais de embalagem. A Portaria n.º 769/2004, de 1 de Julho, estabelece os critérios para o cálculo do preço dos medicamentos manipulados. A actualização anual dos preços está indexado ao factor do índice de preços ao consumidor divulgado pelo INE.